Vajda Gergely a Huntsville Symphony Orchestra (Alabama, USA) zeneigazgatója (2011—), a Portland Festival Symphony zeneigazgatója (2017—), az UMZE újzenei együttes művészeti vezetője (2019—), az Eötvös Péter Kortárs Zenei Alapítvány programigazgatója (2019—). Három évig állt vezető karmesterként a Magyar Rádió Szimfonikus Zenekara élén, majd 2014- ben annak állandó vendégkarmesterévé nevezték ki. 2014-től 2019-ig a Nemzetközi Armel Operaverseny és Fesztivál művészeti vezetője volt. 2009 júliusától négy éven át töltötte be a kaliforniai Music in the Mountains fesztivál művészeti vezetői és karmesteri pozícióját. 2002- ben karmesterként Gundel Művészeti Díjban, 2018-ban zeneszerzőként Bartók Béla-Pásztory Ditta-díjban részesült. 2019-ben a Széchenyi Irodalmi és Művészeti Akadémia rendes tagjává választotta. A Dispeker Artist Management és a Microcosmos Művészügynökség művésze.
2002 óta visszatérő vendégkarmestere volt többek között a Hamburgi Staatsopernek, a Montreali és az Atlantai Operának, az Omaha, a Baltimore Szimfonikusok, a Calgary, a Hamilton, a Winnipeg, és a Louisiana Filharmonikusok együtteseinek. Vezényelte a Los Angeles Symphonyt, a Frankfurti Rádiózenekart, a Toronto és a Montreal Szimfonikusokat, a St. Paul Chamber Orchestrát, a Palermo Opera zenekarát, és mások mellett a Louisville, Memphis, Milwaukee, Phoenix, San Antonio városok zenekarait, az ottawai National Arts Centre Orchestrát, a nemzetközi kortárs együttesek közül pedig az Ensemble Intercontemporaint, az ICE Ensemble-t, és a Klangforum Wient. Karmesterként közreműködött az Avignoni és a Strasbourgi Fesztiválokon, fellépett a chicagói Grant Park, és a New York-i Mostly Mozart Fesztiválon, valamint több alkalommal a Texas-i International Round Top Music és a kanadai Le Lanaudiére fesztiválokon, valamint a Budapesti Wagner Napokon. 2008-ban Vajda vezényelte a Salzburgi Ünnepi Játékok Bartók-est sorozatának záró előadását nemzetközileg ismert énekesekkel a Bécsi Filharmonikusok élén. Az elmúlt öt évben vezényelte a Magyar Állami Operaház több produkcióját, köztük Busoni Doktor Faust-jának magyarországi bemutatóját, illetve Dohnányi Ernő A tenor című vígoperájának világpremier lemezfelvételét, valamint vezényletével jelent meg Eötvös Péter Paradise Reloaded (Lilith) című operájának világelső CD felvétele is.
Zeneszerzőként öt operát jegyez, hármat magyar, egyet angol, egyet pedig német nyelven. Zenekari, kamarazenei és szólóhangszeres kompozícióit Magyarországon, Európában és Észak- Amerikában egyaránt játszák. A BMC gondozásában két szerzői lemeze a Hungaroton Classic kiadásában pedig Dűvő című zenekari darabja, valamint Forgó, és Három pantomim című kamarazenei kompozíciói jelentek meg. Captain Hume’s Last Pavin című szólócsellóra írt művét 2018-ban a CAFe Budapest és a Wien Modern fesztiválokon mutatta be Varga Tamás, a Bécsi Filharmonikusok szólócsellistája. Esterházy Péter Fuharosok című regénye alapján íródott mono-koncert-operáját 2020 márciusában mutatta be az UMZE együttes. Műveinek kiadója az Editio Musica Budapest, az Universal Music Group tagja.