Az ÓDZ-t Héja Domonkos alapította 1993-ban muzsikus barátaival. Ekkor még többségük, ideértve a karmestert is, a Bartók Béla Zeneművészeti Szakközépiskola növendéke volt. A tudatos és aprólékos szakmai műhelymunka, valamint a rendszeres koncertezés eredményeképpen az együttes néhány év alatt a magyar zenei élet elismert szereplőjévé vált. Az együttes 2001-ben elnyerte és három évig viselhette a megtisztelő Nemzeti Ifjúsági Zenekar címet. Az elkövetkező években a legkiválóbb magyar karmesterek mellett egyre több külföldi dirigens is a zenekar vendége volt, többek között Kobayasi Ken-Ichiro, Jurij Szimonov, José Cura, Rico Saccani vagy Sir Neville Marriner.
Az ÓDZ számos alkalommal öregbítette hazánk és Óbuda hírnevét a nagyvilágban. Több alkalommal adott koncertet Spanyolországban, Németországban, Franciaországban, Olaszországban. Visszajáró résztvevője a ludwigsburgi, a milánói, a hannoveri és a zürichi zenei fesztiváloknak. 2007-ben a Schleswig-Holstein Fesztivál vendégeként a zenekar képviselte Magyarországot és az a megtiszteltetés is érte, hogy Hálakoncertet adhatott a Vatikánban Őszentsége II. János Pál Pápa előtt. Legutóbb a párizsi rádió székházában adott koncert.
A zenekar nem állt meg a klasszikus zene határainál, rendszeresen tesz „kirándulást” más zenei műfajok területére, szívesen játszik filmzenéket, illetve gyakorta vesz részt jazz-, pop-, rock-, illetve világzenei produkciókban. E koncertjei során együtt játszott már a Buena Vista Social Clubbal, Omara Portuondóval, Bonnie Tylerrel, John Malkovich-csal, Jeff Millsel. Fellépett olyan „dívákkal” is, mint Rúzsa Magdi, Szulák Andrea, Malek Andrea.
Ács Péter ekkor lett a zenekar ügyvezetője és azóta is a művészi alkotómunka feltételeinek javításán és a művészeti értékek létrehozásán, megőrzésén dolgozik.
A zenekar életének fontos fordulópontja volt 2013, a zenekar megalapításának 20. évfordulója, amikor Hámori Máté átvette a művészeti vezetést, és új arculatot és stratégiát adott az együttesnek. Elindult a zenekar ifjúsági programja, koncertjeik száma megemelkedett, és az együttes szakmai megítélése is jelentősen javult. Az elmúlt években új lendületet vett együttes a hazai koncertélet egyedi szereplője, és az ifjúság zenei nevelésének kiemelkedő intézménye. 2013. óta közel ötven zenész van állásban, a koncertek száma megközelíti az évi száz előadást. A fizető nézők száma sokszorosára, mintegy ötvenezer főre növekedett. A koncertek látogatottsága éves átlagban 95%-os, amely kiemelkedő eredménynek számít a szakmában.
A zenekar bérletsorozatai a Zeneakadémián és a Budapest Music Centerben hallgathatók meg.
Hámori Máté 2013–14-es évadban több új sorozatot is elindított az együttessel, melyek célja újabb közönségrétegek megszólítása. Ezek közé tartoznak a háromrészes zeneszerző portrésorozatok is, melyeknek a BMC nagyterme ad otthont, vagy az ifjúsági koncertek az óbudai általános iskolákban. 2014-ben új, végleges otthonra lelt az ÓDZ: az Óbudai önkormányzat jóvoltából megkapta a Flórián téri régi mozi épületét használatra, amely azóta próbateremként funkcionál.
Hámori Máté 2017-ben kimagasló tevékenysége elismeréséül Magyar Arany Érdemkereszt polgári tagozat kitüntetésben részesült.
2018 június 23-án az Óbudai Danubia Zenekar a Magyar Örökség Díját vehette át. A Magyar Örökség Díj azon magyar személyeknek, intézményeknek adható, akik és amelyek tevékenységükkel hozzájárultak a magyar kultúra, gazdaság, sport és tudomány, azaz a magyar társadalom erkölcsi, szellemi felemeléséhez. Ezek együttesen alkotják a magyarság „Láthatatlan Szellemi Múzeumát”.
2018. szeptember 11-én díjat kapott a zenekar ifjúsági sorozata is. A zene, az kell… ifjúsági sorozat, – amivel általános iskolák tornatermeit járja a zenekar – Érték és Minőség Nagydíjat kapott a Parlamentben.
A művészeti munkán túl a zenekar igyekszik a fiatalok, a 21. századi ember felé nyitni. A 25 éves Óbudai Danubia Zenekar Magyarországon elsőként a teljes évadát online streameli. Zeneakadémiai koncerteket az INDEX.hu, BMC-s koncerteket a Fidelio.hu közvetíti.